De acuerdo a las políticas de la Universidad Austral, la FCE aspira a la formación de equipos de investigación, más que al estímulo de investigadores que trabajen aisladamente. Por esto promueve que los equipos de investigación sean interdisciplinarios y, siempre que sea conveniente y posible, estén integrados por profesores de distintas unidades académicas. La investigación de la FCE se realiza mediante la modalidad de Proyectos de Investigación, diseñados y llevados a cabo por equipos de investigación.
Los equipos de investigación están integrados por profesores de la FCE con dedicación exclusiva o semi-exclusiva y con profesores o investigadores de otras unidades académicas de la Universidad Austral y de otras universidades o instituciones.